Жақында мен таңғажайып нәрсені таптым!Оның айналасындағы көптеген озық тәжірибе мамандары тіпті кейбір қарапайым эксперименттік білім нүктелерін білмейді.

Мысалы, келесі сұрақтарға жауап бере аласыз ба?

OD260 мен A260 арасында айырмашылық бар ма?Әрқайсысы нені білдіреді?
OD – оптикалық тығыздықтың (оптикалық тығыздық) аббревиатурасы, А – аббревиатурасы – абсорбция, екі ұғым іс жүзінде бірдей, “оптикалық тығыздық” – “жұту”, бірақ “оптикалық тығыздық” көптеген ұлттық стандарттарға сәйкес келеді және стандартталған.

Әдетте нуклеин қышқылының концентрациясын есептеу үшін OD мәнін 260 нм өлшейміз, сондықтан 1OD нені білдіреді?
Нуклеин қышқылы 260 нм толқын ұзындығында максималды сіңіру шыңына ие, оның құрамында ДНҚ да, РНҚ да, сонымен қатар фрагменттелген нуклеин қышқылының фрагменттері бар (бұл негізгі нүкте).
260 нм толқын ұзындығында өлшенген OD мәні OD260 ретінде жазылды.Үлгі таза болса, OD260 мәні нуклеин қышқылы үлгісінің концентрациясын есептей алады.
1 OD260=50 мкг/мл dsDNA (қос тізбекті ДНҚ)
=37 мкг/мл ssDNA (бір тізбекті ДНҚ)
=40 мкг/мл РНҚ
=30 мкг/мл dNTPs (олигонуклеотидтер)
RT-PCR, Realtime-PCR және QPCR арасында қандай да бір байланыс пен айырмашылық бар ма?
RT-PCR кері транскрипциялық ПТР деген сөздің қысқартылған сөзі
Нақты уақыттағы ПТР=qPCR, Сандық нақты уақыттағы ПТР қысқартылған
Нақты уақыттағы ПТР (нақты уақыттағы флуоресцентті сандық ПТР) және кері транскрипциялық ПТР (кері транскрипциялық ПТР) екеуі де RT-PCR ретінде қысқартылған сияқты.Бірақ халықаралық конвенция: RT-PCR кері транскрипциялық ПТР-ға қатысты.

Биологияда ДНҚ/РНҚ ұзындығын сипаттау үшін жиі қолданылатын nt, bp және kb қандай?
nt = нуклеотид
bp = негізгі жұп базалық жұп
кб = килобаза

Әрине, бұл ұсақ-түйектерге көп адамдар мән бермейді деп айтар едіңіз!Мұны бәрі істейді, және сізден бұл не екенін ешкім сұрамайды.Бұл қажет емес екенін білесіз бе?

Жоқ, жоқ, жоқ, мұны білу өте қажет!неге байланысты?
Өйткені сіз мақала жариялағыңыз келеді!Бауырым!Сіз оқу орнын бітіруді мақсат етсеңіз де, ғылыми жетістіктерге қол жеткізгіңіз келсе де, сөйлеу үшін мақалаларға сену керек!

Нуклеин қышқылын алу ең қарапайым және ең негізгі тәжірибе болуы керек.Нуклеин қышқылын экстракциялау сапасы кейінгі тәжірибелердің нәтижелерін тікелей анықтайды.

Талай рет айтсам да, елемейтін достар көп.Бұл жолы мен мақаладан шығуды шештім!

MIQE деп аталатын нақты уақыттағы ПТР сандық эксперименттерін жариялауға арналған ең аз ақпарат, флуоресценцияның сандық ПТР эксперименттерін бағалау және мақалаларды жариялау үшін қажетті эксперименттік ақпараттың ең төменгі стандарттарын ұсынатын, халықаралық деңгейде шығарылған флуоресценциялық сандық эксперимент нұсқауларының жиынтығы.Экспериментатор ұсынған эксперименттік шарттар мен талдау әдістері арқылы рецензенттер зерттеушінің эксперименттік схемасының дұрыстығын жақсырақ бағалай алады.

Нуклеин қышқылын алу бөлімінде келесі анықтау элементтері ұсынылғанын көруге болады:

«E» ұсынылуы тиіс ақпаратты, ал «D» қажет болған жағдайда ұсынылуы тиіс ақпаратты көрсетеді.

Пішін өте күрделі, шын мәнінде, әркім өзінен бастау керек екенін айтқым келеді

Нуклеин қышқылдарын осы төрт аспектіде бағалау үшін тазалық (D), кірістілік (D), тұтастық (E) және консистенциясы (E).

Эксперименттік әдеттерге сәйкес, алдымен тазалық пен шоғырлануды бағалау әдістері туралы айтыңыз.

OD өлшеу экспериментаторлар үшін сүйікті және ең оңай анықтау әдісі болып табылады.Принципке келетін болсақ, мен бұл жерде егжей-тегжейге тоқталмаймын.Көптеген зертханалар қазір нуклеин қышқылы үлгілерін тікелей сандық талдау үшін ультра микро спектрофотометрлерді пайдаланады.Сіңіру мәнін көрсету кезінде бағдарлама концентрация мәнін (нуклеин қышқылы, ақуыз және флуоресцентті бояу) және соған қатысты арақатынастарды тікелей береді.OD мәнін талдауға келетін болсақ, бұл суретті сақтаңыз және сіз жақсы боласыз.

Әмбебап OD мәні шешімдерінің тізімі

Дегенмен, сіз үшін бөлек шығарылуы керек бірнеше ескертулер бар.

(Ақыр соңында, сіз үнемдейтін және қажет болғанша күтетін адамдар болуыңыз керек екенін білемін!)

Ескертпе 1 Жабдық

OD мәніне әртүрлі жабдық әсер етеді.OD260 белгілі бір ауқымда болғанша, OD230 және OD280 мәндері мағыналы болады.Мысалы, қарапайым Eppendorf D30 260 нм-де сіңіру диапазоны 0~3А, ал NanoDrop One of Thermo - 260нм.Жұту диапазоны 0,5~62,5А.

Ескерту 2Сұйылту реактиві

OD мәніне әртүрлі реагенттерді сұйылту әсер етуі мүмкін.Мысалы, рН-да тазартылған РНҚ-ның OD260/280 көрсеткіші7,5 10 мм Трисішінде болған кезде буфер 1,9-2,1 арасында боладыбейтарап сулы ерітіндіқатынас төмен болады, мүмкін тек 1,8-2,0, бірақ бұл РНҚ сапасы Айырмашылықты өзгертеді дегенді білдірмейді.

Ескертпе 3Қалдық заттар

Қалдық заттардың болуы нуклеин қышқылының концентрациясын өлшеудің дәлдігіне әсер етеді, сондықтан нуклеин қышқылы үлгілерінде белок, фенол, полисахарид және полифенол қалдықтарын мүмкіндігінше болдырмау керек.

Алайда, шын мәнінде, органикалық реагенттермен экстракциялау ескі әдіс болып табылады.Коммерциялық жинақтарда экстракция әсерін жою қиын улы және зиянды органикалық реагенттерді болдырмай, центрифугалаумен біріктірілген кремний диоксиді негізіндегі адсорбциялық колонна арқылы қол жеткізуге болады. Мәселе, мысалы,Foregene компаниясының нуклеин қышқылын экстракциялау жинағы, операция барысында DNase/RNase және улы органикалық реагенттерді пайдаланбайды, жылдам және қауіпсіз, жәнеәсері болып табыладыжақсы(кездейсоқ таз екенін айтты, бірақ білгіңіз келетінін білемін).

1-мысал: ДНҚ-ның геномдық экстракция шығымы және тазалығы

Foregene Soil ДНҚ оқшаулау жинағы (DE-05511) әртүрлі көздерден алынған топырақ үлгілерін өңдейді және алынған геномдық ДНҚ мөлшері мен тазалығы келесі кестеде көрсетілген:
2-мысал: Тіндік РНҚ экстракция шығымы және тазалығы

Жануарлардың жалпы РНҚ оқшаулау жинағы (RE-03012) әртүрлі ұлпа үлгілерін өңдеді және алынған РНҚ мөлшері мен тазалығы төмендегі кестеде көрсетілген (тінтуір тіндері үшін):
Дегенмен, OD мәнімен аяқталды деп ойламаңыз.Алдыңғы жағында сіз үшін сызған негізгі нүктелермен айналысатын кезіңіз бар ма?

Ескерту

Фрагменттелген нуклеин қышқылының молекулалары да абсорбцияда есептелетін болады.РНҚ-да геномдық ДНҚ қалдықтары бар деп есептесек, сіздің OD мәні өте жоғары болып көрінеді, бірақ РНҚ-ның нақты концентрациясын анықтау мүмкін емес.Сіздің РНҚ-ң бар ма, деградацияның бар-жоғы белгісіз, сондықтан дәлірек пікір беру үшін бізге әлі де кешенді бағалау әдісі қажет, яғни MIQE-де айтылған нуклеин қышқылының тұтастығын бағалау.