ПТР реакциясының көрнекті ерекшелігі оның үлкен күшейту қабілеті және өте жоғары сезімталдығы болып табылады.ПТР өнімділігін және анықтау тиімділігін арттыру үшін біз ПТР күшейту мүмкіндігін және анықтау сезімталдығын жақсартуға міндеттенеміз, бірақ бас ауруы эксперимент процесінде.Жалған позитивтер жиі орын алады және үлгінің айқаспалы ластануы немесе ПТР өнімінің ластануының өте аз мөлшері экспериментте жалған позитивтерді тудыруы мүмкін.
ПТР өнімінің ластануының бес түрі
ПТР ластануының көптеген себептері бар, оларды шамамен келесі санаттарға бөлуге болады:
Үлгінің ластануы, негізінен, үлгіні жинауға арналған контейнердің ластануынан немесе үлгіні қойғанда, тығыздағыштың бос болуына байланысты контейнерден ағып кетуінен немесе үлгінің контейнердің сыртына жабысып қалуынан туындайды, бұл айқас ластануды тудырады;Ластану үлгілер арасындағы ластануға әкеледі;кейбір микроб үлгілері, әсіресе вирустар, аэрозольдармен таралуы немесе аэрозоль түзуі мүмкін, нәтижесінде өзара ластануға болады.
Оның негізгі себебі ПТР реагенттерін дайындау кезінде сынама пистолетті, ыдыс, қосарланған тазартылған су және басқа ерітінділер ПТР нуклеин қышқылы шаблонымен ластанған.
Молекулярлық биология зертханаларында және оң бақылау ретінде клондалған плазмидаларды пайдаланатын кейбір зертханаларда клондалған плазмидті ластау мәселесі де жиі кездеседі.Өйткені бірлік көлемдегі клондау плазмидасының мөлшері айтарлықтай жоғары және тазарту процесінде көбірек құралдар мен реагенттер қажет, ал тірі жасушалардың күшті өсу және көбею қабілетіне байланысты тірі жасушалардағы плазмиданың ластану ықтималдығы өте жоғары.
Күшейтілген өнімдердің ластануы ПТР реакцияларындағы ең көп таралған ластану мәселесі болып табылады.ПТР өнімінің көшірме саны үлкен (әдетте 1013 көшірме/мл) болғандықтан, бұл ПТР анықтау көшірме нөмірі шегінен әлдеқайда жоғары, ПТР өнімінің ластануының өте аз мөлшері жалған позитивтерді тудыруы мүмкін.
Аэрозольді ластану ПТР өнімдерінің ластануының ең ықтимал түрі болып табылады, сонымен қатар оны назардан тыс қалдыру оңай.Ол сұйық беті мен ауаның үйкелісінен пайда болады.Әдетте, аэрозольді ластану қақпақты ашқанда, үлгіні сорғанда немесе тіпті реакция түтігін қатты шайқағанда да пайда болуы мүмкін.Есептеулер бойынша, аэрозольдық бөлшек 48 000 көшірмеден тұруы мүмкін, сондықтан оның ластануы ерекше назар аударуды қажет ететін мәселе болып табылады.
Атап айтқанда, сынақ зертханалары белгілі бір генді сынау үшін жиі бірдей праймер жұбын пайдаланады.Уақыт өте келе зертханалық кеңістікте ПТР өнімінің көп ластануы орын алады.Мұндай ластану пайда болғаннан кейін оны қысқа мерзімде жою қиын.
Ластанудың алғашқы үш түрін болдырмау үшін тиімді құралдарды пайдалана аламыз, бірақ ПТР өнімдерінен туындаған ластануды болдырмау қиын, әсіресе стандартты емес ПТР зертханаларын салу кезінде.ПТР процесінде тамшуыр ұшы сұйықтықты сорып үрлегенде және ПТР түтігінің қақпағы ашылғанда аэрозоль түзіледі.Аэрозольмен тасымалданатын ДНҚ молекулалары (бір аэрозоль ондаған мың ДНҚ тасымалдай алады) ауада қалқып жүретіндіктен оларды жою қиын.ПТР эксперименттерінің келесі раунды енгізілгеннен кейін жалған позитивтер сөзсіз пайда болады.
Төмендегі суретте көрсетілгендей, теріс бақылау тиісті қызығушылық жолағын да күшейтті:
Бұл жерде ПТР ластануы мен алдын алу мәселесінің бірінші бөлімі енгізілген.Келесі шығарылым сізге «ПТР өнімінің ластануының алдын алу» атты екінші бөлімді ұсынады, сондықтан хабардар болыңыз!
Хабарлама уақыты: 25 шілде 2017 ж
