ПТР реакцияларын жасау кезінде әркім әрқашан осындай немесе осындай мәселелерге тап болады деп ойлаймын, бірақ олардың көпшілігін екі негізгі мәселеге жіктеуге болады:

Ген үлгісін тым аз күшейту (күшейту);
Мақсатты емес геннің тым көп күшейтілуі.
Қоспаларды пайдалану осы мәселелерді шешудің жалпы стратегияларының бірі болып табылады.Әдетте қоспалардың рөлі екі аспектіден тұрады:
қосалқы құрылымгендердің (екінші реттік құрылымы);
Арнайы емес толтыруды азайтыңыз.
Бүгін редактор сіздерді ПТР реакцияларындағы кең таралған қоспалармен және олардың функцияларымен қысқаша таныстырады.
Екіншілік құрылымды төмендететін қоспалар
сульфоксид(DMSO)
ген үлгілеріжоғары GC мазмұнымен.Дегенмен, DMSO сонымен қатар Taq полимераза белсенділігін айтарлықтай төмендетеді.Сондықтан әркім шаблонның қолжетімділігі мен полимеразаның белсенділігін теңестіруі керек.Редактор экспериментіңізге сәйкес келетін концентрацияны табу үшін 2%-дан 10%-ға дейінгі сияқты DSMO әртүрлі концентрацияларын қолданып көруге болады деп ұсынады.
Ионды емес жуғыш заттар
0,1-1% Triton X-100, Tween 20 немесе NP-40 сияқты иондық емес жуғыш заттар әдетте ДНҚ қайталама құрылымын төмендетеді.Бұл шаблон генінің күшейтілуін арттыруы мүмкін болса да, ол сонымен қатар спецификалық емес күшейту мәселесін тудырады.Сонымен, бұл қоспалар қоқыссыз төмен өнімді ПТР реакциялары үшін жақсы жұмыс істейді, бірақ салыстырмалы түрде таза емес ҚХР реакциялары үшін онша жақсы емес.Ионды емес жуғыш заттардың тағы бір артықшылығы - SDS ластануын азайту.Әдетте ДНҚ экстракция процесі кезінде SDS полимеразаның белсенділігін айтарлықтай тежейтін ПТР сатысына жеткізіледі.Сондықтан реакцияға 0,5% Tween-20 немесе Tween-40 қосу SDS теріс әсерін бейтараптандыруы мүмкін.
Бетаин_
Бетаин қайталама құрылым түзілуін азайту арқылы ДНҚ күшейтуін жақсарта алады және әдетте коммерциялық ПТР жинақтарына «жұмбақ» қосымша болып табылады.Егер сіз бетаинді қолданғыңыз келсе, бетаин гидрохлоридін (Бетаин HCl) емес, бетаин немесе бетаин моногидратын (бетаин немесе бетаин моно-гидрат) қою керек, соңғы концентрациясын 1-1,7М дейін реттеңіз.Бетаин сонымен қатар спецификаны жақсартуға көмектесе алады, себебі ол ДНҚ балқу/ДНҚ денатурациясының негізгі жұп құрамының тәуелділігін жояды.
Арнайы емес праймерді азайтуға арналған қоспалар
Формамид
Формамид – кең таралған органикалық ПТР қоспасы.Ол ДНҚ-дағы негізгі ойықпен және кіші ойықпен қосыла алады, осылайша негізгі ДНҚ қос спиралының тұрақтылығын төмендетеді және ДНҚ балқу температурасын төмендетеді.ПТР тәжірибелерінде қолданылатын формамид концентрациясы әдетте 1%-5% құрайды.
тетраметиламмоний хлориді( TMAC)
Тетраметиламмоний хлориді будандастырудың ерекшелігін (гибридтену спецификасы) арттырып, ДНҚ балқу температурасын жоғарылатуы мүмкін.Осылайша, TMAC спецификалық емес праймерді жоя алады және ДНҚ мен РНҚ қате байланысын азайтады.Егер сіз қолдансаңызбұзылған праймерлерПТР реакциясында әдетте 15-100 мМ концентрацияда қолданылатын TMAC қосуды ұмытпаңыз.
Басқа жалпы қоспалар
Жоғарыда аталған екі санаттағы қоспалардан басқа, ПТР реакцияларында көптеген жалпы қоспалар бар, олардың функциялары әртүрлі болғанымен, олар да өте маңызды.
Магний ионы
Магний ионы полимеразаның таптырмайтын кофакторы (кофакторы), яғни магний ионы болмаса, полимераза белсенді емес.Дегенмен, тым көп магний иондары полимеразаның тиімділігіне әсер етуі мүмкін.Әрбір ПТР реакциясында магний иондарының концентрациясы әр түрлі болады.Хелациялық агенттер (мысалы, ЭДТА немесе цитрат), dNTP және ақуыздардың концентрациясы магний иондарының концентрациясына әсер етеді.Сонымен, ПТР экспериментінде қиындықтар туындаса, әртүрлі магний иондарының концентрацияларын, мысалы, 1,0-ден 4,0 мМ-ге дейін, олардың арасындағы 0,5–1 мМ аралықпен өзгертуге болады.
Айта кету керек, бірнеше мұздату-еріту циклдары магний хлориді ерітіндісінің концентрациясының стратификациясына әкелуі мүмкін.Сондықтан әр қолданар алдында оны толығымен ерітіп, қолданар алдында жақсылап араластыру керек.
Сиыр сарысуының альбумині(Ірі қара альбумин, BSA)
Молекулалық химия эксперименттерінде ірі қара сарысуының альбумині өте кең таралған қоспа болып табылады, әсіресе рестрикциялық ферментті қорыту және ПТР тәжірибелерінде.ПТР реакцияларында BSA фенолдық қосылыстар сияқты ластаушы заттарды азайтуға көмектеседі.Және де пробирка қабырғасына әрекеттесуші заттардың адгезиясын азайта алатыны айтылады.ПТР реакциясында әдетте қосылған BSA концентрациясы 0,8 мг/мл жетуі мүмкін.
 
Қосымша тауарлар:
ПТР батыры(бояғышпен)
ПТР батыры